阿拉善盟境內的河流主要由黃河水系和內陸河水系組成。具體來說：
黃河水系：黃河是阿拉善盟境內的主要河流之一，它在阿拉善盟境內的流程約為85公里，從阿拉善左旗烏斯太鎮入境，並於阿拉善左旗巴彥木仁蘇木出境。黃河沿東南邊界流經，流域面積約為3988平方公里，年平均徑流量為315億立方米。
內陸河水系：阿拉善盟境內的內陸河流包括額濟納河，它是季節性內陸河流，也是黑河的下游，在阿拉善盟境內的流程約為275公里。此外，還有東西居延海、沙林浩來、薩林谷地、吉格徳查乾戈壁、北銀根盆地、吉蘭泰盆地等較大的閉流區。
黃河和額濟納河是阿拉善盟境內最重要的兩條河流。黃河作為過境河流，為阿拉善盟帶來了豐富的水資源。額濟納河則是內陸河流的代表，其水系在阿拉善盟境內形成了獨特的閉流區和水網區。