填寫增值稅納稅申報表附表三時，應當遵循以下步驟：
登錄電子稅務局：首先，登錄“電子稅務局(申報客戶端)”。
選擇申報表：在系統中選擇“增值稅”，然後點擊“申報表填寫”。
選擇附表三：從申報表列表中選擇附表三，並點擊“填寫”。
填寫內容：附表三分爲“實際發生額”與“扣除額”兩大部分。在“實際發生額”部分，需要填入價稅合計金額。確保附表三中的數據與附表一中的數據完全相符。
填寫稅款所屬時間和納稅人名稱：這些信息需要與主表一致。
填寫本期應稅服務價稅合計額：如果應稅服務屬於徵稅項目，填寫扣除前的價稅合計額；如果屬於免抵退稅或免稅項目，填寫扣除前的免稅銷售額。
填寫扣除項目各列：第2列填寫上期期末結存的金額，第3列填寫本期准予扣除的金額，第4列填寫應扣除的金額，第5列填寫實際扣除的金額，第6列填寫期末結存的金額。確保各列數據符合規定的計算方法和範圍。
複覈和提交：複覈填寫的數據無誤後，點擊“申報表發送”進行提交。
注意事項：在填寫過程中，如有疑問或不確定的地方，可以聯繫稅務部門工作人員獲取指導和諮詢。
總之，在填寫附表三時，要確保信息的準確性和完整性，並按照規定的計算方法和要求進行填寫。完成填報並獲得稅務部門審覈通過後，企業可以獲得相關的稅務憑證或權益。