貨櫃貨運站（Container Freight Station，CFS）是貨櫃運輸中的一個關鍵節點，主要處理拼箱貨物的裝箱和拆箱作業。
貨櫃貨運站負責在貨物進出口時進行貨物的拼箱或拆箱作業，這些作業可能包括貨物的接收、裝箱、拆箱、理貨、保管以及場站收據的簽發等。貨櫃貨運站的位置通常靠近港口或航運碼頭，以便於貨物的裝卸和運輸。
此外，貨櫃貨運站還涉及貨物的清關流程和檔案處理，確保所有交易都符合海關認證處理。貨櫃貨運站分為設定於碼頭內、碼頭外以及內陸的貨櫃貨運站，它們在功能上相似，主要區別在於地理位置。這些站點有助於緩解碼頭內的擁擠情況，並在海運旺季或港口堵塞時保持物流的順暢。