雨花石的形成過程涉及幾個階段：
火山活動：雨花石最初形成於一千萬年前安徽北部和江蘇南部的火山爆發。這些地區經歷了火山活動，產生了含有二氧化硅的岩漿。
冷卻與孔洞形成：岩漿冷卻後，其中的氣體形成孔洞。這些孔洞後來被河流衝擊，將岩石搬運到了南京的陸河區。
流體滲入與沉積：細小的水流沿着這些孔洞滲入，帶走岩石中的二氧化硅，逐漸沉積成石英、玉髓和燧石或蛋白石的混合物。雨花石的顏色和花紋是在這個沉積過程中形成的。
搬運與沉積：雨花石並非南京本地的石頭，而是由古長江河道兩邊的山石滾落到長江內，經過長江湍急的水流打磨、翻滾、搬運，最終沉積在南京周邊地區。這一地層被稱爲雨花臺組地層，主要分佈在南京及周邊地區。
綜上所述，雨花石的形成是一箇由火山活動開始，經過冷卻、孔洞形成、流體滲入與沉積，以及長期的河流搬運與沉積過程。