雲南木瓜水的製作方法有多種不同的流派，但共同點在於使用特定的植物原料來製作一種涼爽的涼粉狀食品。以下是幾種不同的製作方法：
使用木瓜籽。用紗布包裹木瓜籽，在水中不停揉搓直到產生黏膩的津液，然後繼續揉搓直至不再產生津液。放置幾個小時後，木瓜籽的水溶液會凝結成涼粉狀的固體，最後澆上糖水即可食用。
使用假酸漿種子。雖然稱為木瓜水，但實際上使用的是假酸漿的種子，這種種子在清水中揉搓後會釋放出膠質，形成涼粉狀的固體，然後加入紅糖水、玫瑰糖和熟芝麻粒。
使用石花籽。石花籽是一種草木植物的果實，其膠質在水中揉搓後形成涼粉狀的固體，再加入紅糖水和少量石膏水，攪拌均勻後靜置，即可完成。
這些方法雖然原料不同，但都展現了雲南木瓜水的獨特風味和製作工藝。