在遊戲《雷電皇皮卡丘》中，玩家扮演的角色是小智，遊戲開始時出現在自己家的二樓。玩家需要先到一樓與母親打招呼，然後得知大木博士有事情找。在玩家準備離開研究所去探索時，大木博士會叫住玩家，並幫助玩家抓到一隻皮卡丘。之後，玩家回到研究所，想要拿起桌上的精靈球時，卻被博士的孫子小茂搶先一步拿走，於是博士將剛才抓到的皮卡丘交給玩家。
以下是玩家在遊戲中的一些經歷：
玩家走出研究所後，會迎來小茂的挑戰。如果玩家贏得比賽，小茂會離開。
玩家完成這些初始任務後，可以離開村莊向上走來到道吉市。在道吉市，玩家可以找到標有POKE字樣的屋子（精靈中心）來恢復受傷的小精靈。
在道吉市的右邊往上一點，玩家會看到標有SHOP字樣的屋子（商店）。在商店裡，售貨員會把大木博士的郵包交給玩家。
拿到郵包後，玩家應該回到研究所把它交給大木博士。作為感謝，博士會給玩家精靈圖簽。
在遊戲進程中，玩家可以在自己家右邊的屋子裡找到小茂的姐姐要地圖。
回到道吉市往左走，小茂會再次向小智發起挑戰。如果玩家戰勝小茂，他將會離開。
戰勝小茂後，玩家回到道吉市，其中堵住通往常青森林道路的兩個人中的一個會教玩家抓寵物。此時，玩家就可以去常青森林捕捉精靈了。
此外，在遊戲中，玩家應該注意培養綠毛蟲和鐵甲蛹，以及升級皮卡丘。在挑戰岩石道館之前，儘量將鐵甲蛹培養成巴大蝴，以便使用會念力的技能。在遊戲的後期，玩家需要前往月見山與火箭隊交鋒，並在那裡選擇一塊化石。