《雷頓教授與魔神之笛》是一款以解謎為主的冒險遊戲，玩家需要在不同的場景中解開各種謎題，以揭示隱藏於「魔神之笛」背後的秘密。遊戲的主要地點包括米斯特哈雷利和倫敦，隨著劇情的推進，玩家會解鎖新的地點進行探索。
以下是一些遊戲謎題的解答：
序章謎題001。在劇情開始時，輸入日文字母「たすけてください」（請救救我），以解開神秘巨人破壞建築的謎題。
第一章謎題002。在格拉布里奇通力與查理對話，找出四張照片中哪三張是同一時間拍攝的。答案是ABD。
第一章謎題003。在破壞了的民家，選擇特定顏色的木箱。解答如圖所示。
第一章謎題004。在十字路左側的拖車處，將散落的雜物完整地拼在一起。
此外，遊戲中的每道謎題都有其獨特的「閃光點數」，表示謎題的難度級別。難度越高，閃光點數越多。玩家需要通過與NPC對話和探索環境來解決這些謎題，同時推進劇情，揭示更多關於「魔神之笛」的故事。