使用電子支票的過程主要包括以下幾個步驟：
消費者和商家達成購銷協議，並選擇使用電子支票作爲支付方式。
消費者通過網絡向商家發出電子支票，並同時向銀行發出付款通知單。
商家通過驗證中心對消費者提供的電子支票進行驗證。驗證無誤後，商家將電子支票送交銀行索付。
銀行在收到商家的索付請求時，會再次通過驗證中心對電子支票進行驗證。如果驗證無誤，銀行便向商家兌付或轉賬。
此外，如果使用特定的電子支票系統，如Netbill，流程可能包括客戶向商戶請求報價單，商戶返回報價單，客戶接受價格後向商戶發送購買請求。商戶將產品加密並傳送至客戶支票簿，客戶支票簿驗證後返回簽名的電子支付訂單給商戶。商戶對訂單進行背書後發送至Netbill服務器，服務器驗證信息後處理支付。
對於個人用戶，使用電子支票可能涉及在網上銀行服務中登記電子支票服務，輸入必要信息（如收款人姓名、日期、金額等），銀行將生成電子支票，下載後通過電子郵件發送給收款人。收款人可以通過網絡存入支票，完成支付過程，無需打印或手工簽名。