鞋子除菌最有效的方法包括：
使用陽光暴曬。太陽光中的紫外線和臭氧具有強大的氧化分解能力，可以有效殺死細菌和真菌。
使用酒精消毒。75%的酒精均勻噴灑在鞋內能夠殺死真菌。
使用化學消毒劑。如84消毒液、過氧乙酸等，按比例稀釋後浸泡鞋子，再清洗乾淨。
高溫加熱消毒。對於耐高溫的鞋子，如拖鞋、布鞋，可以通過煮沸的方式進行消毒。
使用碘伏浸泡。適用於小白鞋的除臭和消毒，碘伏在藥店可購買。
此外，定期使用肥皂水清潔鞋子，使用除臭球、除臭袋、茶葉、小蘇打、木炭或活性炭等物品放置在鞋內，也有助於除臭和減少細菌滋生。建議每天洗腳、換襪子、刷鞋，定時更換襪子、洗腳可以減少腳上的細菌，從而減少鞋子產生異味的來源。同時，刷鞋可以清潔鞋面和鞋底的污垢，去除細菌和異味。