使用顯微鏡的步驟如下：
取鏡和安放：右手握住鏡臂，左手托住鏡座。把顯微鏡放在實驗臺上，略偏左，安裝好目鏡和物鏡。
對光：轉動轉換器，使低倍物鏡對準通光孔（物鏡的前端與載物臺要保持2釐米的距離）。把一箇較大的光圈對準通光孔。左眼注視目鏡內（右眼睜開，便於以後觀察畫圖）。轉動反光鏡，使光線通過通光孔反射到鏡筒內。通過目鏡，可以看到白亮的視野。
觀察：把所要觀察的玻片標本放在載物臺上，用壓片夾壓住，標本要正對通光孔的中心。轉動粗準焦螺旋，使鏡筒緩緩下降，直到物鏡接近玻片標本爲止（眼睛看着物鏡，以免物鏡碰到玻片標本）。
調焦：左眼通過目鏡觀察視野的變化，同時調節粗準焦螺旋，使鏡筒緩慢上移，直至視野清晰爲止。如果不夠清晰，可以用細準焦螺旋進一步調節。
觀察記錄：左眼注視目鏡，右眼睜開，雙手扭動粗準焦螺旋，直至看到目鏡裏面有清晰的標本成像並記錄下來。
整理顯微鏡：取出玻片標本，將目鏡和物鏡放回原位，將鏡筒旋至最低並蓋防塵蓋，將反光鏡調整與桌面平行，將顯微鏡擦拭乾淨，用與取鏡相同的方法把顯微鏡放到鏡箱中。
此外，使用顯微鏡時還有如下注意事項：
如果在視野中沒有被觀察對象，可以移動裝片，原則爲欲上反下，欲左反右。
如果需要在高倍物鏡下觀察，可以轉動轉換器調換物鏡。如果視野較暗，可以調節亮度；如果不夠清晰，可以用細準焦螺旋進一步調節。
調節亮度時，由暗調亮，可以用大光圈、凹面鏡，調節反光鏡的角度。