食用菌的加工方法多種多樣，主要包括以下幾個步驟：
採摘與保鮮。根據不同菌種的生長特性選擇合適的採摘期和方法，採摘後需進行保鮮處理，通常通過包裝和控制適宜的溫度濕度來儲存和延長保質期。
預處理。對新鮮採摘的食用菌進行處理，以適應後續加工的需要，預處理包括清洗、切片、去皮或去桿等，目的是將食用菌處理為適宜的形態和去除不良狀況及異味。
加工。包括蒸煮、烘乾、醃製和熏制等方法：
蒸煮。處理好的食用菌經過蒸煮後可直接食用或用於其他加工。
烘乾。通過烘乾處理，食用菌可製成乾菌或乾製品原料，烘乾過程中需嚴格控制溫度和濕度。
醃製。食用菌經醃製後口感更佳，一般使用鹽、醬油等材料進行醃製，同時控制醃製時間和溫度。
熏制。熏制後的食用菌具有獨特香味，常用木炭、木屑等材料進行熏制，需注意熏制時間和溫度。
包裝。加工好的食用菌需進行適當的包裝和封存，以延長保質期並方便儲存和運輸，常用的包裝方式有塑膠薄膜袋或罐裝等。
此外，食用菌的加工還包括乾製品、罐藏品、鹽漬品（醃製品）、糖製品、飲料、調味品、生化產品和藥用品等多種加工方式。例如，乾製品是通過自然乾燥或人工乾燥將含水量降至12%以下；罐藏品則是將鮮食用菌或其加工品製成罐頭；糖製品則是通過加糖合煮製成含糖量較高的產品。每種加工方法都有其特定的目的和工藝要求。