馬桶底座漏水時，可以按照以下步驟進行處理：
關閉馬桶進水閥門，並排出馬桶內的存水，如果馬桶進水管較短，建議拆下，以便於移動馬桶時避免損壞水管。
使用金屬鏟子或類似工具清除馬桶底部與地面接觸處的玻璃膠。
移動馬桶，以便更換密封法蘭，這通常涉及將馬桶搬動並向一側放倒，以便看到並接觸到馬桶的密封法蘭。
取下舊法蘭，並安裝新的法蘭，新法蘭通常需要與排污管口對齊，並確保安裝平穩，可以使用加厚的法蘭圈以提高密封效果。
在馬桶底部和地面接觸的四周打一圈玻璃膠，確保所有縫隙都被密封。
在安裝法蘭和打膠過程中，保持地面乾燥，避免水分影響密封效果。
完成法蘭和玻璃膠的安裝後，打開進水閥門測試馬桶是否繼續漏水，如果測試無漏水，則維修完成。
此外，如果馬桶本身存在問題，如法蘭圈安裝不當或下水管老化，可能需要更換相關部件。在處理過程中，如果遇到技術問題或不確定如何操作，建議聯繫專業維修人員進行處理。