馬王爺之所以有三隻眼，有多種民間傳說和解釋：
正義與公正的象徵：馬王爺的第三隻眼被視爲他的特殊標誌，象徵着他具備辨別善惡、識別忠奸的能力。這暗示他是一箇具有正義感和公正判斷力的存在，代表着人們對公平正義的嚮往和期望。
天眼的神話：在神話傳說中，楊戩的天眼是一種具有強大降魔能力的武器，能夠看透一切並給予妖魔鬼怪致命一擊。這種天眼被視爲上天的特殊恩惠，而馬王爺作爲民間信仰的神祇，其三隻眼也有類似的解釋，即玉帝賜予的能夠明辨是非的眼睛。
與魯班無關的說法：有一種說法認爲馬王爺的三隻眼與魯班有關，但這種說法被認爲不太可信，因爲趙州橋與魯班並無直接關係，且馬王爺將魯班的眼睛拿走的說法顯得過於誇張。
民間信仰的起源：馬王爺作爲道教神明中的馬神，民間祭祀可以追溯到西周時期。據載，馬王爺是天庭玉皇大帝身邊的神仙“星日馬”，也是二十八星宿之一。在一次下凡人間巡查善惡的任務中，馬王爺如實回報所見所聞，而其他神仙則虛報太平。玉帝爲了明辨是非，賜予馬王爺一隻豎着的眼睛，從此馬王爺擁有了三眼法相，更加威嚴。
綜上所述，馬王爺之所以有三隻眼，是根據民間傳說和信仰而來，象徵着正義、公正和明辨是非的能力。