《鬼武者》的操作方法如下：
方向鍵控制角色移動和游標移動，○鍵用於調查和決定，×鍵用於吸收敵人的魂，Cancel鍵用於取消操作，△鍵用於使用戰術殼或飛鏢，□鍵用於攻擊，R1鍵用於鎖定敵人並選擇行動，L1鍵用於防禦，R2鍵用於180度轉身，R3鍵用於顯示當前位置。
在戰鬥中，玩家可以使用四連斬（□×4）、足蹴（↓+□）、前刺（HOLD R1 ↑+□）、上斬（前刺後 ↑+□）、見切（在敵人攻擊即將命中時 □）、反擊（在敵人攻擊命中的一瞬間 L1+□）等招式，還可以組合這些攻擊形成連續技，玩家還可以使用必殺技，每種必殺技都有不同的屬性，如雷屬性、火屬性和風屬性，適用於不同的戰鬥場景。
在遊戲選單中，玩家可以進行個人培養模式、VS模式等操作。
此外，玩家還可以通過吸收敵人的魂來強化武器、必殺技和各類道具，紅色魂用於提升能力（類似經驗值），黃色魂用於回復體力，藍色魂用於回復鬼力，玩家還可以在寶箱中獲得各種武器和彈藥。