在《鬼武者3》的海底神殿攻略中，玩家需要按照以下步驟操作：
回到海底神殿，在水底之間切換角色為左馬介。在樓梯下找到「密藥」，進入房間獲得「青龍之盤」，並觸發與森闌丸的戰鬥場景。回到大廳使用「青龍之盤」，之後迅速跑到門前進入。在這裡可以找到「鬼武道書 連鎖一閃」，寶箱裡得到「海底神殿地圖（未來）」。
上樓梯進入房間，打開箱子獲得「木靈」和「龍的右角」。回到樓下，在龍頭處使用「龍的右角」，水位下降後再次回到水底之間。切換角色為雅克，使用「青龍之盤」進入。操作雅克打開寶箱（按照9下、10左、11左、7下、6右的順序），獲得「鬼石」和「冰碎球」。
切換回左馬介，進入有冰之封印的門，獲得「鬼螢的羽根」。將「鬼螢的羽根」傳送給雅克，雅克利用「鬼螢」跳到上方。雅克來到動力室，使用「鬼螢的羽根」盪到對面，獲得「動力結晶」。將「動力結晶」傳送給左馬介，吸收門上的黑霧後進入。在動力室安裝「動力結晶」，機關啟動時按R1鍵通過，另一側可獲得「木靈」和「地轟斧」。
此外，玩家還需要準備必要物品，如水下藥水和夜視藥水，以及足夠的食物和鑽石鎬來收集資源。在神殿中可能會遇到金色守護神，需要小心應對。記得在探索過程中收集各種道具和資源，這些對完成遊戲很有幫助。