鶴頂紅金魚的繁殖過程主要包括以下幾個步驟：
親魚選擇與培育。每年3月份開始，挑選2至3齡的雌魚和1至2齡的雄魚，雌雄比例保持在1:1.2最佳。選擇頭頂有紅色方正肉瘤的個體作爲上選。放養密度應比商品魚小，並隨着天氣變暖逐漸增加投餌量。通常需要1個月的時間讓性腺發育成熟。
人工催產。在4月中上旬，當雌魚的性腺發育良好時，採用一次性胸鰭注射法進行人工催產。雌魚每100克注射促黃體釋放激素類似物(LRH-A2)1至2微克，雄魚劑量減半。注射時間選在凌晨前後。
人工授精與孵化。在觀察到雄魚激烈追逐雌魚時，將雌雄魚捉到盛水的盆中檢查。輕輕擠壓雌魚腹部，若有乳白色粘液或黃色卵子排出，即可進行人工授精。擠壓雄魚排精，並將受精卵均勻地潑灑在設有卵巢的孵化池中。孵化期間，需保持水質清新，溶解氧充足，PH值在7.5至8.0，水溫維持在25度，孵化期約3至4天。
苗種培育。剛孵化的仔魚會吸收自身的卵黃。4天后，開始餵食煮熟的雞蛋黃，通過兩層浮游生物網攪碎後輕拍水面使蛋黃呈霧狀。8天后，仔魚長到1釐米以上時，開始餵食小型浮游生物。隨着它們長大，每週換一次水，並可以餵食仔魚餌料。