鹹鴨蛋的保存方法取決於其狀態（生或熟）以及當前的氣候條件。以下是幾種常見的保存方法：
生鹹鴨蛋。在夏天高溫時期，應將生鹹鴨蛋放入冰箱上層冷藏室，但注意不要冷凍，因爲冷凍後的鴨蛋口感會變差。在冬天，由於氣溫較低，可以將生鴨蛋放在乾燥通風的地方，但要避免陽光直射。
熟鹹鴨蛋。熟鹹鴨蛋在陰涼通風處保存，可以放置1~2個月。如果使用鹽水醃製，可以將熟鹹鴨蛋放入鹽水中浸泡保存。對於泥醃製的鹹蛋，保持泥皮溼潤並置於陰涼處，可以保證鴨蛋半年不壞。
密封保存。對於生鹹鴨蛋，也可以採用密封保存的方法，避免微生物入侵，延長保存時間。密封保存的生鹹鴨蛋一般在3~5天內食用爲佳。