鹿耳門天後宮是明、清時代媽祖信仰的古建築，其故事如下：
在明朝永樂元年（1403年）六月，鹿耳門天后宮始建。明朝時，閩南軍士到台開拓，戰亂將起，常受海難危害，所以向天妃祈求保佑平安。清初鄭成功設施保境安民，也藉由媽祖的庇佑，穩住海上貿易通道，保障軍商安全。
鹿耳門天后宮在清朝康熙二十二年（1683年）台灣正式納入清朝版圖後，清政府為了便於管理，下令將全島漢人移居台灣，並於鹿耳門設立軍營，因此媽祖信徒日眾。
這座宮殿保存完整，具有很高的藝術價值和歷史價值。它不僅是研究台灣海防的歷史文物，也是研究明清時期宮殿建築藝術的重要資料。
以上是鹿耳門天後宮的一些故事，如需了解更多信息，請到官方網站或文史資料中查閱。