鹿茸的保存方法主要取決於其狀態，即鮮鹿茸還是乾鹿茸。以下是二者可參考的保存方法：
鮮鹿茸。採取真空包裝後放入冰櫃冷凍保存，保持溫度在零攝氏度以下，可以存放兩到三年。或者使用保鮮膜包好，放置在陰涼乾燥的地方，也可以在周圍放置一些花椒，以遮掩其腥味並防止蟲害。另外，還可以考慮將鮮鹿茸切片後泡酒保存。
乾鹿茸。乾鹿茸的保存方法主要是防止潮濕和蟲害。可以將乾鹿茸放入密封袋或用防潮紙包裹後，埋在米下以吸收潮氣。為了防止蟲害，可以密封鹿茸並在周圍撒上花椒或使用食品級的乾燥劑，如矽膠乾燥劑。乾鹿茸在適當的保存條件下可以保持一年到兩年。
無論哪種保存方法，關鍵都是保持鹿茸的乾燥、無霉爛、無蟲蛀狀態。