黑瑪瑙的淨化方法有多種，可以根據個人情況和偏好選擇適合的方法：
陽光照射法。將黑瑪瑙放置在陽光充足的地方照射一到兩個小時，注意避免在附近放置易燃物質以防火災。
海水浸泡法。在清水中加入適量粗鹽，將黑瑪瑙浸泡在鹽水中三到四個小時，以消解磁場。
檀香淨化法。在室內燃燒檀香等香薰料，然後將黑瑪瑙放入煙霧中燻蒸。
月光照射法。在月圓之夜，將黑瑪瑙放在戶外吸收月光精華，照射一晚上。
鹽水浸泡法。將黑瑪瑙放入鹽水中浸泡數小時，然後用清水沖洗乾淨。
流水沖洗法。將黑瑪瑙放在自來水下或溪流中充分清洗，並用手指輕輕揉搓。
自然植物法。將黑瑪瑙放入水中，旁邊放置綠葉植物，如綠蘿、吊蘭等，利用植物釋放的負離子進行淨化。
御守鹽淨化法。按照每塊黑瑪瑙10克御守鹽、500克水的比例配置鹽水，將黑瑪瑙浸泡其中24小時以上，然後用清水沖洗乾淨。
每種淨化方法都有其特點，可根據個人喜好和實際情況選擇適合的方法。淨化頻率建議每隔一至兩個月進行一次。