3DS上最好玩的RPG遊戲有很多，根據搜尋結果，以下是一些推薦的遊戲：
《勇氣默示錄》。這是一款日式RPG經典神作，遊玩時間會很長。
《火焰紋章:覺醒》。這是一款策略戰棋遊戲，擁有引人入勝的故事情節和豐富的遊戲功能。
《異度神劍2》。這是一款由《異度神劍》開發者製作的跨界遊戲，集結了多個知名遊戲系列的角色。
《生存者同盟》。這是一款傳統的日式角色扮演遊戲，具有有趣的戰鬥系統和討喜的角色。
《王國之心3D:夢降深處》。儘管是衍生作品，但對整個系列的故事進行了很好的補充。
《深淵傳說》。這是一款PS2作品在3DS上的移植之作，表現很完美。
《塞爾達傳說:時之笛3D》。這是現代遊戲的經典，難以忘懷的冒險。
《寶可夢究極之日/究極之月》。這是寶可夢系列中非常受歡迎的作品。
《勇者鬥惡龍8》。這是復刻PS2的遊戲，加入了新劇本。
《馬力歐與路易吉RPG3》。這是DS版的3DS重製版本。
這些遊戲各有特色，涵蓋了日式RPG、策略戰棋、動作冒險等多種類型，可以根據個人喜好選擇嘗試。