C值矛盾，也被稱為C值悖論，是指一個生物單倍體基因組DNA的總含量（C值）與其進化複雜性和遺傳複雜性的高低之間並沒有嚴格的對應關係。這種現象主要體現在真核生物中，其中DNA中存在大量的重複序列、內含子等非蛋白編碼序列。儘管一般認為C值會隨著進化而增加，即高等生物的C值大於低等生物，但實際上，某些兩棲類的C值甚至比哺乳動物還大。這主要是因為許多DNA序列不編碼蛋白質，而且功能DNA序列大多被不編碼蛋白質的非功能DNA所隔開。此外，低等生物中，當進化增加了生物體的複雜性時，基因組也相應地增大，但在有些生物中則看不到這種規律。例如，顯花植物和兩棲類動物的基因組最大，而軟骨魚、硬骨魚甚至昆蟲和軟體動物的基因組都大於包括人類在內的哺乳動物的基因組。爬行類和棘皮動物的基因組大小同哺乳動物幾乎相等。在同一類生物中，不同種的基因組大小也有很大差別。因此，從總體上說，生物基因組的大小同生物在進化上所處地位的高低沒有絕對的相關性。