使用C18小柱時，應注意以下幾點：
新柱活化。在使用前，先用甲醇或乙腈試劑以低流速沖洗，目的是使固定相充分潤濕和碳鏈舒展，具體操作是，將65%的乙腈/水溶液沖洗後，將色譜柱連線到色譜儀上，出口端放空（不可連線檢測器），以0.1ml/min~0.5ml/min的流速沖洗，保持20分鐘後再連線檢測器，以1.0ml/min的流速繼續沖洗2~8小時。
樣品分析後沖洗。液相色譜儀檢測分析樣品結束後，特別是當流動相中含有酸或鹽時，應將色譜柱徹底沖洗乾淨，通常建議用10%甲醇水溶液沖洗20倍柱體積。
長期閒置時的處理。若色譜柱長期不用，應徹底沖洗並保存在純有機試劑或高比例的有機試劑溶液中（例如90%甲醇水）。
避免高水相條件。由於C18柱的固定相疏水性較強，使用過程中儘量不要使用高水相條件，避免水相比例過高導致固定相疏水塌陷，建議水相比例不超過90%。
柱性能下降的處理。色譜柱壓力升高或柱性能下降時，通常是由於色譜柱被污染，此時應對色譜柱進行再生處理以恢復部分柱效。
壓力驟升的處理。色譜柱壓力驟升通常是由於鹽析出或篩板堵塞引起，如果是鹽析出，使用10%甲醇水低流速沖洗至壓力恢復即可，如果不是鹽析出，應以純甲醇或10%甲醇水為流動相反衝色譜柱（反接色譜柱，不接檢測器），如果反衝半小時仍無效，則需要尋找其他原因。
遵循這些步驟可以確保C18小柱的正確使用和維護，從而保證色譜分析的準確性和重複性。