chmod不起作用的原因可能是因為chmod命令只能在Linux分區下生效，對於FAT或NTFS檔案系統，這些系統並沒有Linux系統中的那些許可權的概念。當插入一個Windows分區格式的硬碟或隨身碟時，Linux系統會自動掛載到/media目錄下，通過ls -al查看其許可權，顯示為: drwx------，這表示我們可以進入到該盤符目錄。當進一步查看該盤符下的某執行檔的許可權時，就會發現其為-rw-------，即可以對該檔案進行讀寫操作，但不能執行該檔案。即使通過chmod更改許可權也無濟於事。
在實際工作中，如果遇到這種情況，一般可以通過將源碼拷貝到Linux系統磁碟中進行編譯，或者將編譯好的目標程式拷貝到Linux系統的磁碟中再使用chmod更改許可權來解決。但如果能直接讓Linux系統掛載的移動硬碟具有執行許可權就方便多了。