EM原露在農業方面的使用方法主要包括以下幾點：
土壤改良：EM原露可以用於改良土壤，主要通過生物性（微生物性）改善，但與物理性和化學性要素密切相關。在進行土壤改良時，需要進行化學性和物理性的土壤診斷，以便實施適當的改善方法。例如，水田的土壤改良主要是為了生長出能抗病蟲害的莖桿硬的水稻，為此有必要提高土壤的矽酸含量。貝化石含有大量的矽酸，比較適合，每畝投入100100kg，連續23年。
水田中使用方法：在水田中，可以在割稻後、育苗期、春播開始時施用EM原露。例如，秋處理時，每畝施用EM發酵飼料2060kg和0.715L的EM原露1000倍稀釋液。育苗期中澆水時用EM原露的10002000倍稀釋液噴灑45次。
防花葉和缺素症：果樹缺素是由土壤氧化造成，有益微生物活動分泌的有機酸能釋鉀溶磷，活化各類元素直接讓根吸收。通過向土壤澆灌EM原露，可以解決花葉問題，增強葉片固氮能力，使葉片轉綠增厚。
提高光合作用和花芽分化的質量：EM原露可以提高光合作用和花芽分化的質量，防止病蟲害的發生，提高抗病蟲能力。
提高葉片的抗凍、抗旱能力：葉面噴施了EM原露，葉面會有一層細胞膜，遇濕就會變軟，一旱它能抑制光呼吸，從而降低無畏的能量消耗。起到抗旱作用。
用在花果上：有效微生物對花芽的影響。這是當年看不見的只有葉片儲存的營養農，自然會提供花芽分化。花蕾現白時噴一次EM原露可以控制有效花開放，讓不成器的花自然掉落，不耗能量提高座果率。