製作EM菌的方法如下：
準備材料。EM菌種、黑糖、無菌水（如涼白開或瓶裝水）。比例大約爲5克EM菌種、100克黑糖、1升無菌水。
培育過程。將黑糖加入水中加熱溶解，待水溫降至30~40度時加入EM菌種。使用密封容器進行發酵，常溫下發酵5~7天。注意，低溫下EM菌活性降低。培育過程中需注意使用無菌水，黑糖爲更佳的能量來源。
容器選擇。推薦使用帶有自動放氣功能的容器，如噴壺、大飲料瓶。避免使用碳酸飲料瓶，若使用需每天放氣以釋放氣體。
後續處理。EM菌發酵後，可以使用原液進行擴培，或直接用於廚餘處理等。發酵的EM菌液應存放在陰涼避光處。
過濾步驟。若需儲存EM菌原液，可進行過濾。先用網兜或紗布粗略過濾，再用細過濾以獲得清澈的原液。過濾後的原液需再培養約一週後使用。