EM菌是一種多用途的微生物製劑，可用於農業、畜牧業和水產養殖等多個領域。其使用方法取決於套用場景，以下是一些常見的使用方法：
水產養殖。池塘處理，注水前1周，用100至300倍的EM菌液稀釋液代替石灰和漂白粉均勻噴灑；水質淨化，用EM菌液稀釋液潑灑水面，視水質情況，15天或1個月一次；疾病防治，出現魚浮頭或泛塘現象時，用EM菌液稀釋液均勻潑灑，3至5小時可好轉；飼料處理，將EM菌與飼料按1:10的比例混合餵食；糞便處理，EM菌種發酵液與糞便混合發酵後投入水體。
農業和園藝。種植，將菌液按照1:100至1:200的比例稀釋後用於灌根、沖施或噴施；發酵肥料，使用EM菌發酵的糞便或廚餘垃圾作為肥料。
畜牧業。家畜餵食，將EM菌與飼料按1:1至1:10的比例混合餵食；家禽和寵物飲水，在家畜的日常飲用水中加入10%的EM菌。
環境改善。廁所處理，使用EM菌處理的廁所系統可以減少臭味；垃圾處理，EM菌可以加速有機廢物的分解過程。
在使用EM菌時，注意溫度、pH值和避免與殺菌劑、殺蟲劑等同時使用，以免影響效果。根據具體需求和條件選擇合適的EM菌使用方法。