EM菌粉的使用方法主要包括以下幾個方面：
擴培菌液。將1瓶EM菌粉（10克裝）加入4斤紅糖和30斤水，充分攪拌均勻直至紅糖完全溶解。水溫應保持在20度以上，環境溫度在30度左右最佳，發酵時間約爲1周。如果溫度較低，需適當延長髮酵時間。擴培好的菌液爲活性菌液，應密封存放在陰涼避光的環境下保存。
種植使用。將菌液按照1:200的比例用水稀釋後，用於蔬菜的灌根、衝施或噴施。注意，不能與殺蟲劑、殺菌劑、消毒劑、強酸強鹼類肥料和藥物混合使用。最佳使用時間是上午10點前和下午4點後。
養殖使用。擴培好的菌液按1:200~500倍稀釋後供動物飲用，或混入飼料中餵食。也可以噴灑到動物糞便上，用於發酵秸稈、糞便、飼料等。
池塘使用。春天清塘後注水時，667平方米（1畝）水面可使用1~2公斤EM菌代替石灰均勻噴灑，以淨化水體。也可在魚種放養後，每15天使用1次，以後每月使用1次。若發現水質惡化，應增加使用量。
特殊情況使用。如水質惡化或天氣劇變後，可加倍使用量。在工廠化養殖或育苗時，按3~5ppm直接潑灑到池中。拌料投餵時，可直接與飼料拌勻，稍晾後投餵。
在使用EM菌粉時，請遵循產品說明書上的具體指導，根據不同情況調整使用方法和劑量。