HE染色是一種常用的組織學和病理學染色方法，主要用於臨床病理切片、組織學和胚胎學等領域。HE染色的作用是通過使用蘇木精和伊紅兩種染料，分別對細胞核和細胞質進行染色，從而幫助醫生判斷細胞形態、排列和組織的結構等信息。
蘇木精染液為鹼性，主要使細胞核內的染色質與胞質內的核酸著紫藍色。蘇木精是陽離子染料，能夠將細胞核內的嗜鹼性物質染成藍紫色。細胞核內染色質的成分主要是DNA，由於DNA的雙螺旋結構外側帶負電荷，呈酸性，因此很容易與帶正電荷的蘇木精鹼性燃料以離子鍵或氫鍵結合而被染色。蘇木精在鹼性溶液中呈藍色，所以細胞核被染成藍色。
伊紅為酸性染料，主要使細胞質和細胞外基質中的成分著紅色。伊紅Y是一種化學合成的酸性染料，在水中離解成帶負電荷的陰離子，與蛋白質的氨基正電荷（陽離子）結合而使細胞漿染色。細胞漿內主要成分是蛋白質，為兩性化合物，在pH調到蛋白質等電點以下時，胞漿帶正電荷，可被帶負電荷的伊紅染料染色。
HE染色過程中，分化作用是一個關鍵步驟，使用0.5%鹽酸乙醇作為分化液，能夠破壞蘇木精的醌型結構，使組織與色素分離而褪色，從而保證細胞核與細胞漿染色的分明。此外，返藍作用也是在分化之後進行的，使得蘇木精在鹼性條件下處於藍色離子狀態，呈現藍色。
綜上所述，HE染色法是組織學、胚胎學、病理學教學與科研中最基本、使用最廣泛的技術方法之一，能夠製作出高質量的HE染色切片，是優秀的實驗者必須掌握的技術之一。