使用iFunBox的步驟如下：
確保電腦上已安裝iFunBox軟體，如果沒有，需要下載並安裝，建議使用中文版。
打開iFunBox軟體，並通過數據線將iPhone與電腦連線，連線成功後，iFunBox軟體左側會出現樹狀的iPhone檔案列表。
在iFunBox界面左側可以看到iPhone內部各個檔案的樹形圖，類似於Windows資源管理器，允許通過簡單的拖拽操作來複製檔案或添加新檔案。
可以輕鬆更換手機壁紙，只需將圖片放在軟體右側的壁紙區域內，iFunBox會自動將其轉換為iPhone可使用的解析度，需要注意的是，iPhone不識別中文名的壁紙，建議將其重命名為三位數字編號或數字與字母的組合。
iPhone鈴聲通常需要是m4r檔案格式，而常見的MP3格式不能直接使用，可以將MP3檔案轉換為m4r格式，然後使用iFunBox將其拷貝至iPhone的鈴聲資料夾中。
iFunBox還具有installous功能，可以將破解版軟體放在特定目錄下，然後通過iPhone上的installous套用進行安裝，從而免去使用iTunes同步的痲煩。
iFunBox還可以傳輸遊戲，需要與installous一起使用，將下載好的遊戲複製到Var/Mobile/Downloads/路徑下，然後在iPhone上打開installous套用即可看到並安裝遊戲。
此外，iFunBox還可以管理蘋果設備的各種檔案，無需越獄或媒體編輯（如MP3、電影），也無需任何守護進程，但必須先安裝iTunes，因為相關的系統級驅動程式會隨著iTunes安裝進系統。