使用NCBI(National Center for Biotechnology Information)進行基因序列查詢、引物設計等操作的步驟如下:
進入NCBI主頁。可以通過瀏覽器訪問NCBI的官方網站(https://www.ncbi.nlm.nih.gov/)。
序列查找。在NCBI資料庫中選擇合適的資料庫,如基因資料庫。輸入關鍵字進行搜尋,例如搜尋「IL-6」基因。在搜尋結果中,你可以選擇特定的物種,如人類(Homo sapiens),並查看基因的詳細信息,包括基因的位置、序列等。
Map View查看。如果你對基因在染色體上的位置感興趣,可以使用Map View功能來查看相關基因的位置。這通常涉及到設定過濾器、查詢基因序列等步驟。
引物設計。NCBI提供了Primer-BLAST工具,用於設計PCR引物。你可以通過找到目的基因的mRNA頁面並使用Pick Primers功能,或者直接在NCBI主頁使用Primer-BLAST,輸入目的序列進行引物設計。在Primer-BLAST中,你可以輸入相關參數並選擇合適的引物。
同源性比對(BLAST)。NCBI的BLAST工具可以用於比較DNA、RNA和蛋白質序列的同源性。選擇合適的比對方式,輸入序列進行比對,比對的排列越高,表示同源性越強。
序列下載。在找到感興趣的序列後,你可以選擇下載格式,通常是FASTA格式,直接下載序列。
基因組展示和序列信息查詢。NCBI提供了基因組展示和序列信息查詢的功能,讓你能夠詳細查看基因的結構、外顯子內含子分布等。
以上步驟涵蓋了NCBI的基本使用方法,包括序列搜尋、基因位置查看、引物設計、同源性比對和序列下載等。