PDB格式有兩種主要用途：
在生物信息學和分子建模中，PDB（蛋白質數據銀行）格式是一種標準檔案格式，用於存儲生物分子的三維結構信息，如蛋白質、核酸等。這種格式的檔案通常包含關於分子中每個原子和殘基的詳細信息，包括其類型、坐標、以及與其他原子或殘基的關係。PDB檔案是文本格式，每行最多包含80個字元，以記錄分子結構的不同方面。這種格式廣泛用於科學研究，包括蛋白質工程、藥物設計等。
在軟體開發中，PDB（程式資料庫檔案）是一種用於存儲調試信息的檔案格式，主要用於Visual Studio等開發環境中。PDB檔案包含原始碼檔案名稱、變數名、函式名等調試時需要的信息。在開發過程中，開發者可以使用PDB檔案將機器代碼與原始原始碼對應起來，以便於調試和錯誤排查。
這兩種PDB格式在套用和功能上有明顯的區別，分別服務於不同的領域和需求。