《彼得·潘與溫迪》的故事主要圍繞著彼得·潘、小仙子、小女孩溫迪、約翰和麥可展開，情節充滿了童趣、幻想和奇遇。故事大致可以分為五個部分：
1. 開篇和家庭介紹（第1-3章）：介紹了彼得·潘、小仙子們以及他們的生活方式。
2. 溫迪的夢（第4章）：溫迪夢見她掉進了海里，遇到了彼得·潘，他帶領她來到了“夢幻島”。
3. 夢幻島的冒險（第5-35章）：溫迪、約翰和麥可開始了夢幻島的冒險，他們遇到了各種奇妙的生物，如虎克船長、叮叮和噹噹等，經歷了許多驚險刺激的冒險。
4. 彼得·潘的挑戰（第36-54章）：彼得·潘向溫迪等人提出了一個挑戰，讓他們離開夢幻島。
5. 結局（第55章）：溫迪決定要回家，與家人團聚，而彼得·潘則決定永遠留在夢幻島。
此外，故事中還蘊含了許多象徵意義，如時間的流逝、成長的必然性、家庭的溫暖等，使得故事更加豐富多元。