SDS法提取DNA的基本原理是利用十二烷基磺酸鈉（SDS）這樣的離子型表面活性劑來裂解細胞，溶解細胞膜和核膜蛋白，從而使細胞膜和核膜破裂。在高溫條件下（55~65°C），SDS能導致蛋白質變性和染色體離析，從而釋放出核酸。隨後，通過提高鹽濃度和降低溫度，使SDS與蛋白質形成的複合物溶解度減小，導致蛋白質和多糖雜質沉澱，離心後除去這些沉澱。上清液中的DNA隨後用酚/氯仿等有機溶劑進行抽提，經過反覆抽提和乙醇沉澱，最終純化出水相中的DNA。
此外，SDS法中可能還會包含EDTA和CTAB等試劑，其中EDTA用於螯合Mg²⁺、Mn²⁺等金屬離子，抑制DNA酶的活性，而CTAB則用於破壞膜結構並提高DNA在提取液中的溶解度。通過這些步驟，可以有效地從生物樣品中提取DNA。