SNP分型方法有多種，主要包括以下幾種：
TaqMan探針法。此方法涉及設計特定的PCR引物和TaqMan探針來識別不同的SNP位點。TaqMan探針兩端分別標記有報告螢光基團和淬滅螢光基團。在PCR過程中，如果存在匹配的PCR產物，探針會與模板退火，切割報告螢光基團，從而發出螢光。這種方法適用於少量SNP位點的分析。
SNaPshot法。由美國套用生物公司(ABI)開發，基於螢光標記單鹼基延伸原理。在反應體系中，包含測序酶、四種螢光標記的脫氧核糖核苷酸(ddNTPs)、以及針對多態位點的延伸引物和PCR產物模板。引物延伸一個鹼基後終止，通過測序儀檢測峰的移動位置和顏色來確定SNP位點和基因型。這種方法適用於10-30個SNP位點的分析。
直接測序法。這是最準確和常用的SNP檢測方法。它涉及對SNP位點進行直接擴增和測序，可以準確區分純合型和雜合型SNP位點。直接測序是SNP分析的金標準，適用於檢測少量樣本中的少量SNP位點。
PCR-RFLP法（限制性片段長度多態性）。這是一種經典方法，通過使用特定的限制性內切酶來識別SNP位點。PCR產物中存在酶切位點的變化時，會產生不同的酶切片段長度，從而確定基因型。這種方法不需要特殊儀器，操作簡單，成本低，適合中量樣本的檢測。
HRM法（高解析度熔解曲線分析）。通過實時監測升溫過程中雙鏈DNA與PCR擴增產物的結合情況來分析SNP。不同SNP位點和基因型會影響熔解曲線的峰形，因此HRM可以有效區分不同的SNP位點。這種方法操作簡便、快速，成本低，且無需設計探針。
每種方法都有其優勢和局限性，適用於不同的研究需求和樣本類型。