辦理一卡通的流程主要包括以下幾個步驟：
準備材料。需要準備的材料包括填寫完備的社會保障卡發行註冊申請表、社會保障卡發行籌備情況說明、符合全國統一規範要求的套用領域和卡內套用檔案結構（包括本地擴充的套用領域和指標）、按照統一要求設計的卡面樣式、本地區社會保障卡管理辦法和實施細則，以及人力資源社會保障部要求提供的其他材料。
拍攝數碼照。首次申請辦卡的員工需要到市公安機關認可的第二代身份證聯網照相館拍攝數碼照，並向照相館索取《XX市社會保障卡數碼照回執單》，同時在回執上工整填寫姓名和身份證號碼。
線上或線下申請。已辦理網上申報的企業可以直接在網上申請制證。未辦理網上申報的企業，需提交員工身份證複印件、社會保障卡數碼照回執（遺失補辦卡不需要此回執），社會保障卡數碼照回執需按參保報表的順序排列，附於參保報表後。
繳費並等待制卡。在個人繳費視窗繳費的人員，需要提交身份證原件、社會保障卡數碼照相回執（已辦理過社會保障卡的不需要此項）到所屬社保機構個人繳費視窗填表並交納工本費，領取制卡回執。
此外，還可以通過一些特定的渠道，如微信公眾號等線上服務進行辦理，按照指示操作填寫信息並激活社保人社功能即可。