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三引物法

三引物法是一種用於鑑定純合突變體的PCR技術,具體包括以下步驟和原理:

設計引物:

LP(Left genomic primer):位於T-DNA的上游基因組序列上,即5'端。

RP(Right genomic primer):位於T-DNA的下游基因組序列上,即3'端。

BP(Border primer):位於T-DNA上,用於識別T-DNA插入的位置。

PCR擴增:

在野生型中,由於沒有T-DNA插入,只有LP+RP的PCR產物。

在突變體中,由於T-DNA插入,LP和RP不能成功擴增,只有BP+RP的PCR產物。

在雜合體中,兩條帶都有。

實驗步驟:

第一次PCR(tier-1):使用LP和RP引物,如果出現陽性的小分子量PCR條帶,則說明存在染色體刪除。

第二次PCR(tier-2):使用結合於T-DNA外側及內部的一對相向引物,無PCR條帶則說明缺失正常的T-DNA序列。

結果解讀:

如果兩次PCR均無陽性結果,則可能為野生型。

如果第一次PCR陽性,第二次PCR無陽性,則可能為純合缺失突變體。

注意事項:

提取DNA時,如果種子播種較多,可以進行混葉檢測。

引物需要離心後使用,並妥善保存。

通過上述方法,可以有效地鑑定出純合缺失突變體。