三科九旨是東漢經學家何休在其著作《春秋文諡例》中提出的概念。它指的是在《春秋》一書中，根據不同的歷史時期和地域範圍，對人物和事件進行分類和解釋的九種旨意。具體來說，何休認爲《春秋》一書包含了三個科段，每個科段內蘊含三種旨意，共計九種旨意。這三個科段分別是：
新周、故宋：以《春秋》來表達對新王（周朝）的期望，這是第一科三旨。
所見異辭、所聞異辭、所傳聞又異辭：根據信息的來源和可信度，對事件進行不同的記載，這是第二科六旨。
內其國而外諸夏，內諸夏而外夷狄：根據對不同國家（魯國、華夏諸國、夷狄諸國）的親疏關係，對人物和事件進行不同的記載，這是第三科九旨。
通過這種方式，何休試圖更全面地解釋《春秋》的內容，並將其與當時的政治局勢和歷史變遷聯繫起來。