《不是因為寂寞才想你》的故事如下：
男主人公王磊和女主人公蔣靜是一對相愛的情侶，但因為工作的原因被迫分隔兩地，最終因為交流的減少而導致了感情的淡化。王磊在經歷了一段時間的調整後，發現他無法離開蔣靜，於是決定去找她。當他來到蔣靜身邊時，他發現他們之間的愛情經受住了時間和距離的考驗。
這首歌的故事源於王磊和蔣靜的愛情故事，男主人公因工作原因與女主人公長期分隔兩地，但兩人依舊深愛著對方。然而，長期的分離使他們逐漸疏遠，直到男主人公意識到這一點，決定去找女主人公，最終兩人重新走到了一起。
這首歌表達了即使分隔兩地，愛情依舊可以持續的美好情感。