主管機關的含義根據不同的上下文有所不同，但通常指的是對某一單位、機構或業務進行監督、管理、指導、檢查和負責的機構或部門。這些機關可以是政府機構、行業協會、監管機構、學術機構、研究機構等，也可以是公司內部的上級部門或管理層。主管機關的主要職責是根據國家或地區的法律法規、政策方針和標準規範，對所轄範圍內的單位或業務進行管理和指導，以確保這些單位或業務能夠合規、有序、高效地開展工作。它們還負責制定和執行相關政策和規定，以促進所轄範圍內的單位或業務的穩定發展，提高其社會效益和經濟效益。
在政府機構中，主管機關通常是指各行業的部委，如教育部、交通運輸部、農業部等。這些部委負責制定和實施相關政策和法規，以促進所轄範圍內的單位或業務的穩定發展。在行業協會中，主管機關通常是行業協會的會長單位或祕書長單位，負責協調和管理整個行業的發展。在公司內部，主管機關通常是指上級部門或管理層，他們對下屬部門或業務進行管理和指導，以確保公司的整體運營和發展。
特別地，行政主管部門是指主管某個方面的政府部門，例如教育的行政主管部門就是教育局，土地的行政主管部門就是國土資源局。在法律領域，主管機關係指依法責令公司關閉的機關；有關機關主要是指執行處罰的機關、公司的主管機關以及工商行政管理機關等；有關專業人員主要是指註冊會計師、律師等。在國際海事組織中，主管機關係指船旗國政府，根據國際海事組織各公約的相關定義。