乾巴菌最好的保存方法有幾種：
冷凍保存。將乾巴菌清洗乾淨，去除泥土和雜草，確保乾巴菌比較乾燥，然後放入保鮮袋中，放入冰櫃的冷凍層保存。食用前，將其取出自然解凍，再用清水洗淨即可。
鹽水浸泡法。將乾巴菌削去根部帶土外皮，整理成大小一致的條狀，用清水洗淨後，用鹽水浸泡5到9天，之後用清水沖洗乾淨。然後將乾巴菌放入不滲水的容器中，加入配好的保鮮液浸泡。保鮮液的配方是按乾巴菌和水的總重量計算，加入10到25%的食鹽，1到4‰的苯甲酸鈉和1到4‰的焦亞硫酸鈉，溶解於水中。液面應稍高於乾巴菌堆面，容器口封閉以隔絕空氣和保持衛生。這種方法浸泡大約一個月後，可以將乾巴菌取出進行真空包裝，這樣可以保持乾巴菌的新鮮度達10個月以上。
微波烘乾法。將清洗乾淨的乾巴菌用食鹽搓洗後，再用清水漂洗乾淨。最後使用微波爐烘乾大約30秒左右，然後用保鮮帶裝好並冷凍保存，這種方法可以使乾巴菌保存一年以上。
這些方法都可以有效地保存乾巴菌，可以根據實際情況選擇適合的保存方式。