于姓和於姓在漢字的使用上沒有區別，都可以作爲姓氏使用。但是，于姓和於姓的來源和發展歷史是不同的。
于姓主要源自姬姓和姜姓。一方面，出自姬姓，爲周武王姬發的後代，以國名爲氏。據《新唐書·宰相世系表》所載，西周初年，周武王克商後，大舉分封諸侯，其第二個兒子邘叔被封在邘國。後來，邘叔的子孫就以國名爲氏，有的姓了邘，有的則去邑旁姓於，是爲河南於氏。春秋戰國混亂，邘叔有後裔遷山東郯城，爲山東於氏。另一方面，出自古炎帝姜姓齊國公子、文學家淳于髡的後裔淳于氏，在唐代時避諱憲宗李純改單姓於氏。據《古今姓氏書辯證》所載，淳于公子孫，以國名爲姓，稱爲淳于氏。唐貞觀年間所定皇族七姓，有淳于氏。至唐憲宗李純時，爲避諱（“純”“淳”同音），複姓淳于氏改爲單姓於氏。到了宋代，又有部分于姓恢復淳于姓，也有一部沿襲未改的，形成此支於氏。
於姓則不同，於亦是姓，不同於于姓。於姓在古漢語中用的虛詞，“於”不是“於”的簡體字(《簡化字總表》、《通用規範漢字表》都沒有規定“於”簡化爲“於”),《新華字典》對“於yú”的解釋是同“於”。但“於”並不能代替“於”的全部意義，於亦是姓，不同於于姓。
總的來說，于姓和於姓在使用上沒有區別，都可以作爲姓氏使用。但是，于姓的來源和發展歷史與於姓有所不同。