五行水晶的使用主要根據個人的五行屬性來選擇。五行相生為金生水、水生木、木生火、火生土、土生金；五行相剋為金克木、木克土、土克水、水克火、火克金。例如，如果五行不足，如八字缺土，可以選擇黃水晶，因為黃色主土。
具體來說，金對應的顏色是白色，可以使用白色光的水晶，如白幽靈、鈦晶等；木對應的顏色是綠色，可以使用綠色光的水晶，如綠幽靈、翡翠、東菱石等；水對應的顏色是黑色，可以使用黑色光的水晶，如黑曜石、黑碧璽、煙晶等；火對應的顏色是紅色，可以使用紅色光的水晶，如石榴石、紅髮晶、玫瑰輝石等；土對應的顏色是黃色，可以使用黃色光的水晶，如黃水晶、琥珀、虎眼石等。
此外，紫、粉紅水晶屬火，代表桃花、人際關係，粉紅水晶更有助人緣。綠、藍水晶屬木，代表頭腦靈活。農曆十月及十一月出生者屬水命人，宜選擇屬火的水晶，忌選屬土的水晶。