五香南瓜子的製作方法有多種，這裡介紹一種比較常見的製作方法：
將新鮮的南瓜籽洗淨，放入鍋中，加入1至1.5升清水煮沸。
水開後，將八角、桂皮、花椒、茴香用紗布包好放入鍋內，大火煮半小時。
撈出幾粒瓜子，用手擠按，如有水珠冒出，即可加入食鹽，改用文火繼續煮2小時。
將煮好的瓜子留在原湯內浸泡一夜，然後撈出來瀝乾水分，平鋪曬乾。
如果喜歡脆的口感，可以將曬至半乾的瓜子放入170華氏度的烤箱中烘烤30至40分鐘。瓜子的乾濕程度不同，烘烤時間可能有所不同，需要不時品嘗以確定是否已經烤好。如果還有點沒有烤透，等烤箱關了後，讓瓜子留在烤箱內，用餘熱繼續烘烤。
以上方法可以使南瓜子充分吸收香料的味道，製作出美味的五香南瓜子。