特殊工序是指在產品質量形成過程中，某些工序完成後，其質量狀態難以通過後續的檢測或監控來驗證。
這些工序對產品質量有重大影響，且通常涉及複雜的工藝，如滅菌過程、無菌封裝過程、潔淨室環境條件、冷凍乾燥過程、熱處理過程、電鍍過程、注塑成型過程、超音波焊接等。特殊工序的特點包括質量不易或不能通過檢驗和試驗驗證，可能需要破壞性試驗或複雜昂貴的測量方法，且這些工序的結果是否滿足要求通常只能在產品使用或交付後才能完全暴露。
在特殊工序中，需要專業資質和專用設備的企業來完成這些工序。特殊工序要求周期性的驗證，以確保5M1E（即人、機、料、法、環、測）參數能夠保證產品質量。與關鍵工序不同，關鍵工序是通過每一批產品的過程控制來驗證產品質量，而特殊工序則側重於周期性的驗證。