倒置顯微鏡是一種特殊的顯微鏡，其特點是物鏡和照明系統的位置與常規顯微鏡相反。
在倒置顯微鏡中，物鏡位於載物臺下方，而照明系統則位於載物臺上方。這種設計主要是爲了適應生物學、醫學等領域中的特殊觀察需求，如細胞培養、組織培養、浮游生物觀察、環境保護和食品檢驗等。在這些應用中，被觀察的樣品通常放置在培養皿或培養瓶等容器的溶液中，因此需要長工作距離的物鏡和聚光鏡，以便在不接觸容器的情況下觀察和研究貼着容器內壁或懸浮在溶液中的樣品。
此外，倒置顯微鏡還常配備相差物鏡，以適應不同樣品的觀察需求。倒置顯微鏡不僅結構獨特，而且在科研和工業領域都有着廣泛的應用。