微生態系統是指在一定空間結構內，由正常微生物羣與其宿主（如人類、動物、植物）的組織、細胞及其代謝產物共同組成的，能夠進行物質、能量和基因交流的生物系統。
微生態系統分爲幾個層次，包括總微生態系統、大微生態系統和微生態系。例如，人體表面的皮膚、口腔、消化道、泌尿道和呼吸道等與外界相通的部位都存在這樣的微生態系統。在這些微生態系統中，正常微生物羣與宿主之間存在互惠互利的共生關係。正常情況下，這些微生物不會對宿主造成傷害，反而通過物質交換和能源轉移爲宿主細胞提供營養，幫助建立免疫屏障，防止有害病原體的侵入。