生態系統結構是指生態系統中的各種成分在空間和時間上的配置及其相互之間的關係。它主要包括生態系統的組成成分和營養結構。具體如下：
組成成分。包括非生物成分和生物成分，非生物成分如陽光、空氣、水分和礦物質等；生物成分包括生產者（如綠色植物）、消費者（如各種動物）和分解者（如細菌、真菌等），這些成分在生態系統中的分佈和功能構成了生態系統的形態結構。
營養結構。指的是食物鏈和食物網，這是生態系統中能量和物質流動的基礎，食物鏈反映了生態系統中生物之間由於食物關係而形成的一種聯繫。
生態系統結構還包括水平結構和垂直結構，以及時間結構和食物鏈結構等不同的層次。水平結構指的是生物種羣在水平方向上的分佈格局，而垂直結構則是指生物種羣在垂直方向上的分佈格局。時間結構是指在生態區域內不同生物種羣的生活週期在時間上的起伏交錯形成的格局。