系統結構是指一箇系統內部各組成要素之間的相互聯繫和相互作用的方式或秩序。
這種結構反映了系統內部的組成規律，包括要素間聯繫的形式、聯結鏈的數量和聯繫的強度。系統結構是一箇多層次的概念，它的變化會隨着系統內每一要素與聯繫的變化而發生。在計算機領域，系統結構（也稱爲計算機體系結構）特指計算機的概念性結構和功能特性，包括機器語言程序員或編譯程序編寫者所看到的外特性，以及計算機系統的基本工作原理和硬件、軟件界面的劃分策略。這個概念強調了軟件和硬件/固件之間的主要交界面，以及爲了確保機器語言程序、彙編語言源程序和高級語言源程序翻譯生成的機器語言目標程序能在機器上正確運行所必需的界面結構和功能。