細胞污染是指細胞培養過程中，由於外源性的細菌、真菌、酵母、病毒或其他細胞類型的入侵，或者培養環境中存在對細胞有害的化學物質，導致細胞培養出現非預期的細胞變化，如形態異常、生長異常、聚集增加、培養基異常等。
細胞污染主要可分爲微生物污染和真核生物污染，其中微生物污染包括真菌和酵母、細菌、支原體等；真核生物污染則是指一種細胞系污染了另一種細胞系，通常是由於操作不當或在細胞培養過程中未嚴格遵守無菌操作規範所致。微生物污染可以通過顯微鏡觀察到，例如細菌在顯微鏡下呈現爲細小顆粒或黑色細條沙狀，而真菌則可能呈現爲絲狀、管狀或樹枝狀的菌絲。支原體污染較難發現，因爲支原體體積小，生長緩慢，且難以在顯微鏡下觀察清楚。
爲了防止細胞污染，需要嚴格遵守無菌操作規範，並在實驗中注意細節，一旦發生細胞污染，應根據污染類型採取相應的處理措施，如更換培養基、添加抗生素或對培養設施進行徹底消毒。